La Contraloría General de la República activó una alerta tras detectar graves inconsistencias en la administración y manejo financiero de la Nueva EPS. La indagación se originó en un operativo de policía judicial adelantado en julio de 2025, que permitió recaudar más de 4.500 archivos con información de carácter técnico, jurídico, administrativo y financiero. Los hallazgos iniciales apuntan a deficiencias en anticipos, facturación, contratación, cuentas por pagar y reservas técnicas, lo que compromete la sostenibilidad de la entidad.
Durante la diligencia, el organismo de control adelantó entrevistas, inspecciones y análisis forenses sobre las vigencias 2022, 2023, 2024 y el primer semestre de 2025. Los resultados preliminares muestran un incremento acelerado en obligaciones y un manejo ineficiente de los recursos de la salud, situación que eleva el riesgo de detrimento patrimonial y afecta la estabilidad del sistema.
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Anticipos y facturación bajo la lupa
El principal hallazgo está relacionado con los anticipos pendientes por legalizar. Entre 2023 y 2024 estos pasaron de $3,4 billones a $8,6 billones, un aumento del 155%. A junio de 2025 la cifra ya alcanzaba los $15,27 billones, lo que genera un fuerte impacto en la liquidez institucional. Además, la Contraloría advirtió que más de $143 mil millones corresponden a recursos con más de dos años sin legalizar.
La situación en facturación no es menos preocupante. La EPS acumula más de 22 millones de facturas sin procesar por un valor total de $22,1 billones, de las cuales cerca de 9 millones aparecen duplicadas. Esto deja un saldo de $13,2 billones en documentos sin auditar. El 97% de esas cuentas aún no ha sido revisado, lo que implica fallas graves en la validación de costos, cumplimiento contractual y soporte financiero.
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Contratos, cuentas por pagar y reservas técnicas
En materia contractual, la Contraloría encontró que la Nueva EPS no presentó soportes completos que evidencien el cumplimiento de los requisitos legales para la contratación con su red de prestadores. Varias carpetas carecen de copias de contratos, notas técnicas y anexos, lo que genera dudas sobre la transparencia de los procesos.
Las cuentas por pagar también generan alarma. Con corte a marzo de 2025, estas ascendían a $21,3 billones, cifra que amenaza la sostenibilidad de la entidad y del sistema de salud, considerando que la EPS cubre al 22% de la población afiliada. A este panorama se suma una subestimación en las reservas técnicas por $11,1 billones, lo que refleja falta de liquidez y riesgo de incumplimiento en la atención a los usuarios. Ante este panorama, la Contraloría anunció que trasladará la información a las autoridades fiscales, disciplinarias y penales competentes.
